Dieci anni prima che la storia cominci, un terribile terremoto colpì il Giappone e distrusse gran parte della capitale, Tokyo, facendone affondare tre quarti nell'oceano. Nel presente, vediamo Igarashi Ganta, un ragazzo apparentemente normale, studente delle medie presso la Prefettura di Nagano. Nonostante sia uno dei pochi sopravvissuti del terremoto di dieci anni prima, non ricorda nulla dell'accaduto e conduce una vita tranquilla, normale. La sua vita cambia però un giorno, quando, a scuola, uno sconosciuto vestito con un'armatura rosso sangue appare nella sua classe, volandoci dentro dalle finestre. Senza alcuna ragione apparente, l'Uomo in Rosso massacra tutti i compagni di classe di Ganta ed, invece che ucciderlo, gli conficca nel petto un cristallo rosso. Ganta viene dichiarato unico sospettato e, dopo uno stranamente sbrigativo processo, viene condannato all'ergastolo nella prigione "Deadman Wonderland", un carcere di massima sicurezza che funge anche da luna park.
